A partir de 1944, en virtud de una serie de causas entre las cuales la fuerza expansiva de los primeros profesionales formoseños tuvo especial relieve, la convicción de actuar en pro del funcionamiento de un bachillerato en Formosa se fue imponiendo.

El comienzo de un bienestar económico-social general del país y el fin de la Guerra Mundial que se avecinaba dieron nuevos impulsos a esa tendencia.. Los vecinos mas cultos se sintieron llamados a defender la iniciativa.

Los padres de familias realizaron las primeras reuniones tendientes a unificar criterios para la creación de un colegio secundario. Y a comienzos de 1945 se hallaba ya en marcha el primer instituto de bachillerato mixto en Formosa, el que funciono incorporado al Colegio Nacional General San Martín de la ciudad de Corrientes.

La creación del Colegio Nacional fue dispuesta por Decreto el 27 de Marzo de 1946. Así nació el Colegio Nacional de Formosa, humildemente, sin mucha pompa, con reducido numero de alumnos pero con una ilusión: transformarse en un establecimiento modelo en poco tiempo.

Si bien la inauguración del Colegio se realizo en el antiguo edificio ocupado todavía por la Subprefectura Marítima. Las clases se iniciaron en la Escuela Técnica de Oficios. El material didáctico fue facilitado por dicho establecimiento y por el colegio Santa Isabel, es decir que la inauguración fue precaria pero con la colaboración de sus pares ya existentes.

En 1947 se creo el primer periódico estudiantil si así podemos denominar a unas paginas mecanografiadas con el nombre: Avanti.

En el año 1948 se produjo la primera reacción solidaria estudiantil, el primer Centro  Estudiantil.

En lo que atañe al tema, el periodo de 1949 al 54 será inolvidable. El teatro, la danza, la música y el periodismo fueron abordados con grandes éxitos.1950: para entonces la capacidad de los alumnos estaba bien en alto. De allí que el Rector se dispusiera a colaborar para que el teatro vocacional del club Colegial se presentara en publico. El escenario elegido fue el cine y teatro Savoia (hoy Italia).

El edificio actual nació en 1957, cuando por ley provincial se expropia el inmueble de la propiedad Dra. Dora Polo, (solar donde estaba emplazado el fiel de la Liga Formoseña de Fútbol). En 1958 se realizo el acto en que se firmo el pergamino por todos los asistentes al acto (autoridades civiles, militares, etc.) .

El nombre que lleva el colegio se debe a iniciativa de la Asociación Correntina General San Martín, con sede de la Capital Federal, decisión acogida favorablemente por la superioridad en el año 1962, según el expediente caratulado: 103.109-S; autorización para designar con el nombre de Gobernador Juan José Silva al Colegio Nacional de Formosa.

El señor Juan José Silva fue un sobresaliente ciudadano dedicado por entero a la cosa publica, meritos de los que dan cuenta debidamente los considerados de la Resolución 1285/62, autorizaba de la disposición del nombre.

Se puede afirmar que a partir de 1978 con la implementación del Proyecto Nº 13; se puede hablar de un antes y un después del Colegio Nacional.

En 1985 ya en el periodo democrático y continuando con el proceso de transformación educativa iniciado, se crea en el colegio el Consejo de Convivencia y el Centro de Estudiantes con lo que se busca la participación y el compromiso de los miembros de la comunidad. En 1989 comienza a concretarse “la unificación del ciclo básico”, así aparecen los Talleres de Educación Estética y Practica obligatorios para los alumnos de 1º a 3º año.

En 1990 y por iniciativa de la Rectora del colegio se inician las reuniones de Rectores de colegios nacionales estatales y privados con la finalidad de consensurar criterios frente a directivas emanadas de Nación.

En cumplimiento de la Ley Nacional Nº 24049 y el Decreto PEN Nº 964/92, a partir del 1 de enero de 1993 el Colegio Nacional Gdor. J. J. Silva pasa a ser provincial según lo establecen las cláusulas de la mencionada ley.